在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。
数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
中村悠一,樱井孝宏,远藤绫,永濑安娜,子安武人
内详
悠木碧,大塚刚央,小西克幸,种崎敦美,石川由依,木野日菜,甲斐田裕子,潘惠美,小清水亚美,齐藤贵美子,家中宏,赤羽根健治,久野美咲,岛本须美
あさぎ夕,餅梨あむ,八ッ橋しなもん,黒井多飛岡
村瀬步,石川界人,日野聪,细谷佳正,齐藤壮马,内山昂辉,入野自由,林勇,冈本信彦,名冢佳织,诸星堇,神谷浩史,田中一成,竹内良太,丹沢晃之,木村昴,土屋神叶,丰永利行,大森大树,福田贤二,寺岛拓笃
竹内顺子,杉山纪彰,中村千绘,井上和彦,关俊彦,松本和香子,大塚芳忠,胜生真沙子,柴田秀胜,森久保祥太郎,伊藤健太郎,柚木凉香,小杉十郎太,增川洋一,远近孝一,田村由香里,江原正士,水树奈奈,鸟海浩辅,川田绅司,落合露美,大谷育江,重松朋,下屋则子,飞田展男,石冢运升,浅野真由美,石田彰,加濑康之,朴璐美,中田让治,保志总一朗,神奈延年,三木真一郎,中村大树,家中宏,福田信昭,楠大典,本田贵子,平
田中真弓,冈村明美,中井和哉,山口胜平,平田广明,大谷育江,山口由里子,矢尾一树,长岛雄一,池田秀一,古川登志夫,古谷彻,大塚周夫,津嘉山正种,草尾毅,大场真人,宝龟克寿,园部启一,柴田秀胜,中博史,阪口大助,竹内顺子,千叶繁,三石琴乃,挂川裕彦,堀秀行,田中秀幸,大友龙三郎,有本钦隆,大塚明夫,玄田哲章,小山茉美,土井美加,野田顺子,渡边美佐,野上尤加奈,林原惠美,水树奈奈,园崎未惠,西原久美子
小林裕介,市之濑加那
上坂堇,神谷浩史,内田真礼
荒木香恵,渋谷茂,半場友恵,後藤邑子
川井田夏海,大塚刚央,飞田展男,潘惠美,藤原夏海,吉富英治,福山润,中村悠一,津田健次郎,立川谈春,岛本须美,寿美菜子,家中宏,七海弘希,高野麻里佳,花泽香菜,冰上恭子,入野自由,诸星堇,村濑步
古川慎,矢野妃菜喜,市道真央,大地叶,藤田茜,沼仓爱美,高田忧希,真野美月,上田耀司,立花慎之介,鸟海浩辅
内田雄马,千叶翔也,内山昂辉,岛崎信长,中村悠一,铃木崚汰,河西健吾,丰永利行,长谷川育美
上村祐翔,山村响,浦和希
中岛良树,种崎敦美